元气骑士的武器融合系统可实现双武器、三武器组合融合，覆盖近战、手枪、冲锋枪、弓弩、法杖、投掷六大武器品类，同系列进阶、跨元素混搭、功能互补类武器均支持融合，地牢内满足携带放置条件即可触发合成操作，不同组合会生成属性、攻击模式完全不同的全新武器，是提升地牢通关效率的核心玩法之一。
近战武器是融合体系里收益最高的品类，三色光剑（红光剑、蓝光剑、绿光剑）三柄同时集齐，手持两柄地面放置一柄就能融合光剑土豪金，大幅拓宽挥砍范围、提升基础攻速，近距离群怪清理能力顶尖；火焰剑搭配冰霜剑可融合红武雷剑，同时解锁灼烧、冰冻、雷电三种元素伤害，近战挥砍附带穿透镭射，长按攻击能释放连锁电弧，兼顾控场与持续输出；战斧搭配火之杖融合火焰战斧，普通挥砍附加持续灼烧debuff，破碎剑柄与破碎剑刃融合重铸圣剑，两次挥砍释放远程震荡波，实现攻防一体；熔炉与冰川两把元素近战融合极光，冰火双重伤害能快速压制成群小怪，适合高密集怪物房间作战。所有近战融合前需卸下工匠装配的配件，避免配件直接消耗无法回收。
远程枪械包含手枪、冲锋枪、霰弹枪三类可融合分支，鹰系列手枪融合玩法丰富，火焰之鹰加冰霜之鹰合成冰与火之鹰，单发子弹同步附带冰火双重异常，应对单一元素抗性怪物优势明显；两把不同种类鹰类手枪搭配樱花霰弹枪三武器融合嘤嘤鹰，弹幕数量大幅提升，娱乐与清图兼顾；时代系列冲锋枪遵循递进融合规则，两把欠时代合成次时代，两把次时代合成次次时代，逐级叠加射速与单发伤害，最终可合成次次次次时代冲锋枪，持续输出能力拉满；雪狐系列可逐层升级融合，两把雪狐L合成雪狐XL，两把XL合成XXL，雪狐土豪金搭配樱花霰弹枪融合雪狐玫瑰金，超大范围霰弹弹幕适配大范围清场；突击步枪Pro搭配火箭炮融合榴弹机枪，兼顾常规连射与范围榴弹爆发，兼顾远近作战需求。
弓弩、法杖、投掷类武器同样拥有完整融合配方，弓箭类中英雄弓与风之弓融合魔法弓，箭矢获得自动追踪效果，远程拉扯Boss时容错率极高；火焰弓、冰霜弓、珺之弓三弓融合群星之弓，多支追踪星矢同步爆发，高额群伤适配多层地牢小怪潮；法杖体系浪潮法杖搭配干草叉融合三叉戟，近战突刺配合远程水浪冲击，水陆场景均能稳定发挥；投掷武器雷电战锤与电弧手里剑融合宙斯之矛，远近双形态攻击，插在地面的长矛会触发连锁雷电爆炸，搭配激光加粗天赋可最大化电弧覆盖范围；电弧手里剑两两融合量子手里剑，电击连锁数量提升，群怪连锁伤害大幅增强。药水道具也存在融合机制，可重复生命药水搭配可重复能量药水，融合双效恢复药水，长期地牢续航能力显著提升。
武器融合有固定操作规则与实战适配技巧，双武器融合要求手持一把、地面摆放对应材料武器，三武器融合需要手持两把、地面放置最后一把材料，界面攻击键上方出现漩涡图标代表满足合成条件；骑士二技能可额外携带武器，能快速集齐三武器配方在地牢开局完成融合，青蛙爷爷佣兵携带第三把武器也是集齐三素材的通用套路；天赋搭配会直接改变融合武器强度，元素暴击适配雷剑、宙斯之矛等元素融合武器，霰弹增多适配雪狐玫瑰金、嘤嘤鹰，激光加粗强化光剑土豪金与电弧类投掷武器；高难度地牢优先选择雷剑、光剑土豪金、群星之弓这类大范围融合武器，单体Boss战可选用宙斯之矛、魔法弓拉扯输出，根据关卡怪物类型灵活切换融合武器组合，能大幅降低通关难度。
