火影忍者手游本服要塞争夺战无固定参战组织上限，单场活动内全服所有拥有完整活跃成员的组织均可自由进场争夺任意要塞地图；跨服要塞争夺战固定限定5个组织获得参赛资格，资格由上一轮本服要塞中火、风、雷、水、土五处要塞的占领组织产生，若占领组织数量不足5家，则依据五处要塞总积分排名依次补齐至5个组织。两种模式下组织参与数量规则完全区分，也是多数玩家容易混淆的核心细节，本服要塞偏向全服组织自由竞争，跨服要塞属于战区顶尖组织之间的对抗，两者的人员调配、战术规划思路存在明显差异。
本服要塞开放18处独立要塞点位，分为1处高级火要塞、6处中级要塞、11处低级小型要塞，全区数十个组织能同时进入不同点位争夺积分，单处要塞地图内最多容纳50个组织同步刷分对抗，无门槛限制中小组织进场蹭取个人参与奖励，仅占领结算存在数量约束，单个组织最多只能拿下3处要塞占领权，若结算时多个要塞积分排名第一，系统会自动优先保留高等级要塞，多余名额顺延给积分第二的组织。中小组织无需追求占领名额，仅安排少量成员分散进驻小型要塞积累个人积分，就能稳定拿到金币、忍玉、组织功勋等基础奖励，高战集中的头部组织则需要分配足够人手主攻火要塞与中级要塞，避免分散战力导致多处要塞积分落后。
跨服要塞仅允许5个本区组织出战，每个组织最多派遣30名成员，单战区合计150名玩家代表本区战力对抗其他服务器，该模式下5个组织必须统一调度，提前划分主攻、驻守、游走支援三类分工，高战集中冲击高级火要塞与核心中级点位，中等战力成员分守周边小型要塞，低战玩家负责诱敌刷取退敌数量提升战区总积分。跨服要塞的积分以战区为单位统计，5个参战组织的退敌总数直接决定本区排名，任意一个组织划水缺人都会拉低整体成绩，因此战区内5家组织需要提前协商人员轮换，避免活动中途出现点位无人防守、关键要塞被敌方服务器清空人员的情况，同时控制各组织出战人数均衡，防止单家组织占用过多参战名额导致其余四家战力断层。
组织参与数量直接决定要塞资源获取上限，单服要塞竞争中，若本区活跃组织数量偏少，头部组织可轻松包揽多处要塞占领，每日稳定领取5份专属荣耀礼包由首领分配；若全服组织数量多、竞争激烈，头部组织只能守住1到2处高等级要塞，剩余占领名额会被中层组织瓜分，小型组织仅能争夺第二名的争夺礼包。跨服模式下固定5家组织参赛的规则让资源分配更加固定，战区排名越高，5个组织全员能拿到的传说饰品、S忍碎片、要塞勋章数量越多，无参赛资格的其余本区组织只能通过点赞获取少量低保奖励，无法参与跨服地图对抗，这也是多数组织努力冲击五大地标要塞、争取跨服名额的核心原因。日常备战时，首领需要根据本区组织总数调整作战方案，组织数量多则拆分多支小队分散抢占小要塞，组织数量少则全员集中火力攻坚核心点位，兼顾个人积分收益与组织占领名额。
