少年三国志攻城掠地的隐藏关卡主要分为剧情解锁密室关卡、地图迷雾隐藏据点以及赛季特殊触发关卡三类，并不会直接展示在主界面列表当中，需要完成指定条件才能够开启，通关之后可以拿到武将碎片、进阶材料以及大量军功等稀有奖励。很多游玩该模式的参与者会直接推进主线城池战斗，忽略触发条件，错过大量额外收益，掌握解锁规则可以进一步拉高整体养成进度。
剧情密室类隐藏关卡，需要打完对应城池主线之后，达成特定战斗条件，才会弹出额外入口。部分城池战斗中，不能直接快速击杀守关主将，需要清理完全部小怪，再将主将压制到残血状态，才会解锁密室传送点，直接击杀BOSS会直接结束战斗，无法触发隐藏部分。这类关卡内部一般设置多波敌人，难度会高于主线城池，队伍需要搭配具备续航能力的武将，减少战斗损耗，通关之后能够拿到普通关卡不会产出的宝物碎片，部分密室还存在多层分支，需要全部走完才可以拿满全部奖励，只打单一层只能获取少量基础资源。
地图迷雾隐藏据点属于大地图探索类隐藏关卡，攻城掠地大地图上存在大量被迷雾遮盖的区域，不会标记关卡图标，需要消耗行军令派遣队伍进行探索，才能够显现出来。这类据点有精英战斗和资源守卫两种类型，精英战斗就是隐藏关卡，对手战力会匹配当前参与者的综合实力，不会出现战力差距过大的情况。探索迷雾会消耗粮草和行军令，不建议盲目全部清扫，可以优先探查高级城池周边的迷雾，这里出现隐藏关卡的概率更高，完成之后可以获得军功、粮草、突破道具，对于持续进行攻城作战有着很大帮助，若是资源储备不足，可以暂时搁置低价值迷雾区域，优先保障军团城池争夺的资源供给。
赛季特殊触发隐藏关卡，只会在攻城掠地赛季的特定阶段解锁，没有固定图标，需要军团完成占领多座城池的任务之后，才会激活挑战权限。该类关卡支持军团成员共同参与，单人很难完成通关，需要调配多名主力轮流上阵，关卡产出的奖励可以在军团内进行分配。参与挑战之前，军团内部需要提前规划阵容，准备足够的兵力补给，避免兵力耗尽中途退出，白白消耗行军物资。除此之外，完成全部隐藏关卡挑战之后，还可以解锁部分隐藏成就，拿到额外的元宝奖励，进一步扩充资源储备。
